巴氏殺菌槽基于巴氏殺菌法，利用病原體不耐熱的特點，在適當溫度和保溫時間下殺滅微生物。其工作流程是：
溫度控制：將殺菌槽中的熱水溫度控制在60–85℃之間(具體溫度根據食品類型和工藝要求調整)，通過溫度控制儀將設定的PU值(巴氏殺菌單位，在60℃下經歷1分鐘所引起的滅菌效應為一個PU值)轉化為各溫區水槽的實際控制溫度曲線。
分級處理：物料通過鏈條或網帶依次經過多個溫區，包括逐級升溫預熱、殺菌和逐級降溫冷卻。
殺菌效果：通過準確控制溫度和時間，殺滅主要致病菌(如沙門氏菌、大腸桿菌)，同時保留部分無害或有益的耐熱菌(如細菌芽孢)，保持食品的天然屬性和營養成分。
類型：
水浴式巴氏殺菌槽：物料浸泡在恒溫水槽中，緩慢升溫殺菌，適用于袋裝食品、軟包裝等。
隧道式巴氏殺菌槽：產品進入隧道，通過噴淋熱水逐步升溫至殺菌溫度，保溫一定時間后，再噴淋冷水冷卻，主要用于瓶裝或罐裝飲料。
巴氏殺菌槽廣泛應用于乳品、果汁飲料、啤酒、白酒、茶飲料等液態食品的殺菌處理，也可用于蔬菜、腌漬菜、豆制品等食品的殺菌以及水果、山野菜等的漂燙或預煮等工序。
